本发明公开了一种双绕组永磁容错电机驱动系统的控制方法，所述的双绕组永磁容错电机是由12槽定子和10极表贴式永磁体转子组成，其定子中包括两套相互独立的对称的三相集中式隔齿绕制的电枢绕组；该方法通过建立双绕组永磁容错电机控制系统的数学模型，再根据建立的模型以及采集到的和给定的电机信号，分别依次经过速度控制器、电流控制器、SVPWM和逆变器来实现对电机的控制，同时增加了故障诊断与余度通信功能，能分别对控制系统是否存在绕组断路或短路故障进行诊断与处理。本发明简单易行，具有高可靠性和强容错性，能够很好地实现对系统断路或短路故障的容错控制，适合于高可靠性及高性能要求的航空航天及军用场合。